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3-D modeling and molecular dynamics simulation of interleukin-22 from the So-iny mullet, Liza haematocheila Electron. J. Biotechnol.
Qi,Zhitao; Shi,Rongwei; Li,Suyang; Zang,Xiayan; Wang,Zisheng.
Background: Interleukin-22 (IL-22) plays an important role in the regulation of immune responses. However, little is known about its function or structure in fish. Results: The IL-22 gene was first cloned from So-iny mullet (Liza haematocheila), one of commercially important fish species in China. Then, 3-D structure model of the mullet IL-22 was constructed by comparative modeling method using human IL-22 (1M4R) as template, and a 5 ns molecular dynamics (MD) was studied. The open reading frame (ORF) of mullet IL-22 cDNA was 555 bp, encoding 184 amino acids. The mullet IL-22 shared higher identities with the other fish IL-22 homologs and possessed a conserved IL-10 signature motif at its C-terminal. The mullet IL-22 model possessed six conserved helix...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Comparative modeling; Interleukin-22; Liza haematocheila; Molecular dynamics.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582013000400003
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Bridging molecular and continuous descriptions: the case of dynamics in clays Anais da ABC (AABC)
Dufrêche,Jean-François; Rotenberg,Benjamin; Marry,Virginie; Turq,Pierre.
The theory of transport in porous media such as clays depends on the level of description. On the macroscopic scale,hydrodynamics equations are used. These continuous descriptions are convenient to model the fluid motion in a confined system. Nevertheless, they are valid only if the pores of the material are much larger than the molecular size of the components of the system. Another approach consists in using molecular descriptions. These two methods which correspond to different levels of description are complementary. The link between them can be clarified by using a coarse-graining procedure where the microscopic laws are averaged over fast variables to get the long time macroscopic laws. We present such an approach in the case of clays. Firstly, we...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Clays; Multi-scale modelling; Molecular dynamics; Hydrodynamics; Brownian model.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652010000100006
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Differential Effect of Solution Conditions on the Conformation of the Actinoporins Sticholysin II and Equinatoxin II Anais da ABC (AABC)
FAUTH,EDSON V.F.; CILLI,EDUARDO M.; LIGABUE-BRAUN,RODRIGO; VERLI,HUGO.
Actinoporins are a family of pore-forming proteins with hemolytic activity. The structural basis for such activity appears to depend on their correct folding. Such folding encompasses a phosphocholine binding site, a tryptophan-rich region and the activity-related N-terminus segment. Additionally, different solution conditions are known to be able to influence the pore formation by actinoporins, as for Sticholysin II (StnII) and Equinatoxin II (EqtxII). In this context, the current work intends to characterize the influence of distinct solution conditions in the conformational behavior of these proteins through molecular dynamics (MD) simulations. The obtained data offer structural insights into actinoporins dynamics in solution, characterizing its...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Actinoporins; GROMACS; Molecular dynamics; Pore-forming proteins.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652014000401949
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Modelo PestLCI: parametrização para os cenários brasileiros de produção agrícola. Infoteca-e
BARIZON, R. R. M.; MATSUURA, M. I. da S. F.; SCACHETTI, M. T.; SILVA, G. B. S. da; COSTA, M. P.; GAROFALO; LANES, V. F. de; PICOLI, G.; PIGHINELLI, A. L. M. T.; MORANDI, M. A. B..
Resumo: Diversas metodologias têm sido utilizadas para avaliar os impactos dos pesticidas utilizados na agricultura. O PestLCI Consensus v.1.0, ferramenta apresentada neste trabalho, traz contribuições para a estimativa de emissões de pesticidas em processos agrícolas, para a elaboração de inventários para estudos de avaliação do ciclo de vida (ACV), de gestão ambiental, que tem sido aprimorada para incorporar os potenciais impactos desses compostos em sistemas de produção agropecuários. Além da apresentação do PestLCI, este trabalho objetiva também parametrizar cenários de produção agrícola relevantes para o Brasil. Com isso, espera-se o aprimoramento dos estudos de ACV que abordem os possíveis impactos dos pesticidas sobre a saúde humana e meio ambiente.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Avaliação do ciclo de vida; Agrotóxico; Pesticida; Impacto Ambiental; Águas Superficiais; Águas Subterrâneas; Solo; Ar; Pesticides; Environmental impact; Molecular dynamics; Groundwater; Surface water; Life cycle assessment; Air.
Ano: 2021 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1134598
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PestLCI Model: parameterization for scenarios of Brazilian agricultural production. Infoteca-e
BARIZON, R. R. M.; MATSUURA, M. I. da S. F.; SCACHETTI, M. T.; SILVA, G. B. S. da; COSTA, M. P.; GAROFALO; LANES, V. F. de; PICOLI, G.; PIGHINELLI, A. L. M. T.; MORANDI, M. A. B..
Abstract: Several methodologies have been proposed to assess the impact of pesticides applied to agricultural crops. The PestLCI Consensus v.1.0 tool presented herein helps estimating pesticide ewwmissions in agricultural processes to prepare inventories for life cycle assessment (LCA) studies. This important environmental management tool was improved to enable the incorporation of the potential impacts of these compounds on agricultural production systems. In addition, the present work also aimed to parameterize relevant agricultural production scenarios for Brazil. With this, it is expected to lead to the improvement of LCA studies that address the possible impacts of pesticides on human health and the environment.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Avaliação do ciclo de vida; Agrotóxico; Pesticida; Impacto Ambiental; Águas Superficiais; Águas Subterrâneas; Solo; Ar; Pesticides; Environmental impact; Molecular dynamics; Groundwater; Surface water; Life cycle assessment; Air.
Ano: 2021 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1137347
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